Nextflow Eğitimi¶
-
Kendi kendine öğrenme kursları
Nextflow topluluk eğitim portalına hoş geldiniz!
Aşağıda listelenen eğitim kursları, kendi kendinize kullanabileceğiniz bir kaynak olarak tasarlanmıştır. Bu kurslara istediğiniz zaman, Github Codespaces aracılığıyla sunduğumuz web tabanlı ortamda ya da kendi ortamınızda çalışabilirsiniz.
-
Ek bilgiler
Sürüm uyumluluğu
Ocak 2026 itibarıyla, aksi belirtilmedikçe tüm Nextflow eğitim kurslarımız, katı sözdizimi etkinleştirilmiş Nextflow 25.10.2 veya daha yeni bir sürümünü gerektirmektedir.
Sürüm gereksinimleri ve katı sözdizimi hakkında daha fazla bilgi için lütfen Nextflow belgeleri geçiş kılavuzuna bakınız.
Önceki sözdizimlerine karşılık gelen eğitim materyalinin eski sürümlerine, bu web sayfasının menü çubuğundaki sürüm seçici aracılığıyla erişebilirsiniz.
Ortam seçenekleri
Eğitim için ihtiyacınız olan her şeyin önceden kurulu olduğu web tabanlı bir eğitim ortamı sunuyoruz. Bu ortama Github Codespaces üzerinden erişebilirsiniz (ücretsiz bir GitHub hesabı gerektirir).
Bu seçenek ihtiyaçlarınızı karşılamıyorsa lütfen diğer Ortam seçeneklerine bakınız.
Eğitim etkinlikleri
Nextflow eğitimini yapılandırılmış bir etkinlik kapsamında almayı tercih ediyorsanız bunun için pek çok fırsat mevcuttur. Aşağıdaki seçeneklere göz atmanızı öneririz:
- Topluluk ekibi tarafından üç ayda bir düzenlenen Eğitim Haftaları
- Seqera tarafından düzenlenen yüz yüze eğitim etkinliklerini içeren Seqera Etkinlikleri ('Seqera Sessions' ve 'Nextflow Summit' için arama yapın)
- Yerel toplulukları için etkinlikler düzenleyen Nextflow Büyükelçileri
- Topluluk hackathon'larını içeren nf-core etkinlikleri
Eğitmenler için bilgiler
Kendi eğitimlerinizi yürüten bir eğitmenseniz, uygun atıfta bulunmak koşuluyla materyallerimizi doğrudan eğitim portalından kullanabilirsiniz. Ayrıntılar için aşağıdaki 'Katkılar ve teşekkürler' bölümüne bakınız.
Bunun yanı sıra, eğitim çalışmalarınızı nasıl daha iyi destekleyebileceğimizi sizden duymaktan memnuniyet duyarız! Bize community@seqera.io adresinden veya topluluk forumu üzerinden ulaşabilirsiniz (bkz. Yardım sayfası).
Açık kaynak lisansı ve katkı politikası
Bu eğitim materyali Seqera tarafından geliştirilmekte ve sürdürülmekte olup topluluk yararına açık kaynak lisansı (CC BY-NC-SA) altında yayımlanmaktadır. Bu materyali lisans kapsamı dışında (ticari kullanım ve yeniden dağıtım kısıtlamalarına dikkat ediniz) kullanmak istiyorsanız talebinizi görüşmek üzere community@seqera.io adresinden bizimle iletişime geçiniz.
Topluluktan gelen iyileştirmeleri, düzeltmeleri ve hata raporlarını memnuniyetle karşılıyoruz. Her sayfanın sağ üst köşesinde, sorunları bildirebildiğiniz veya pull request aracılığıyla eğitim kaynak materyalinde değişiklik önerebileceğiniz kod deposuna bağlantı veren bir simgesi bulunmaktadır. Daha fazla ayrıntı için depodaki
README.mddosyasına bakınız.
Yapay Zeka Destekli Çeviri
Bu çeviri yapay zeka kullanılarak oluşturulmuş ve insan çevirmenler tarafından gözden geçirilmiştir. Geri bildirimlerinizi ve iyileştirme önerilerinizi memnuniyetle karşılıyoruz. Daha fazla bilgi için çeviri kılavuzumuza bakın.
Nextflow eğitim kursları kataloğu¶
-
Başlangıç seviyesi
Yeni Başlayanlar için Nextflow¶
Nextflow'a tamamen yeni olanlar için tasarlanmış, alana özgü olmayan kurslar. Her kurs, öğrencilerin becerilerini kademeli olarak geliştirmelerine yardımcı olmak amacıyla tasarlanmış bir dizi eğitim modülünden oluşmaktadır.
Hello Nextflow: Kendi pipeline'larınızı geliştirmeyi öğrenin
Bu kurs, basit ama tam işlevsel pipeline'lar geliştirmeye yetecek düzeyde Nextflow dilinin temel bileşenlerini kapsamakta; ayrıca pipeline tasarımı, geliştirme ve yapılandırma uygulamalarının temel unsurlarını ele almaktadır.
Nextflow Run: Mevcut pipeline'ları çalıştırmayı öğrenin
Nextflow pipeline'larını çalıştırmaya ve yapılandırmaya yönelik kısa bir giriş kursu. Hello Nextflow geliştirici kursunu temel almakla birlikte koda daha az odaklanmaktadır. Çalıştırma, çıktılar, temel kod yapısı ve farklı hesaplama ortamları için yapılandırmayı kapsamaktadır.
Bilim için Nextflow¶
'Hello Nextflow'da sunulan kavram ve bileşenleri belirli bilimsel kullanım senaryolarına uygulamayı öğrenin.
Genomik için Nextflow (varyant çağırma)
Kendi genomik pipeline'larını geliştirmeyi öğrenmek isteyen araştırmacılar için. Kurs, basit ama işlevsel bir genomik pipeline'ın nasıl geliştirileceğini göstermek amacıyla varyant çağırma kullanım senaryosunu kullanmaktadır.
RNAseq için Nextflow (bulk RNAseq)
Kendi RNAseq pipeline'larını geliştirmeyi öğrenmek isteyen araştırmacılar için. Kurs, basit ama işlevsel bir RNAseq pipeline'ının nasıl geliştirileceğini göstermek amacıyla bulk RNAseq işleme kullanım senaryosunu kullanmaktadır.
Görüntüleme için Nextflow (uzamsal omiks)
Analiz pipeline'larını çalıştırmayı ve özelleştirmeyi öğrenmek isteyen görüntüleme ve uzamsal omiks alanındaki araştırmacılar için. Kurs, Nextflow pipeline'larını çalıştırmayı, yapılandırmayı ve girdileri yönetmeyi göstermek amacıyla biyolojik açıdan ilgili bir pipeline olan nf-core/molkart'ı kullanmaktadır.
-
İleri seviye
Nextflow'dan nf-core'a¶
nf-core topluluk projesindeki kodu ve en iyi uygulamaları kullanmayı öğrenin.
Bu kurslar, Nextflow temellerinden nf-core en iyi uygulamalarına geçişinizi destekler. nf-core topluluğunun pipeline'ları nasıl ve neden oluşturduğunu, bu tekniklere nasıl katkıda bulunabileceğinizi ve bunları nasıl yeniden kullanabileceğinizi anlayın.
Hello nf-core: nf-core ile başlayın
nf-core uyumlu pipeline'ları çalıştırmayı ve geliştirmeyi öğrenmek isteyen geliştiriciler için. Kurs, nf-core şablonunu ve geliştirme en iyi uygulamalarını izleyen, mevcut nf-core modüllerini kullanan basit ama tam işlevsel pipeline'lar geliştirmeye yetecek düzeyde nf-core pipeline'larının yapısını kapsamaktadır.
İleri Düzey Nextflow Eğitimi¶
Gerçek dünya kullanım senaryolarına yönelik Nextflow pipeline'ları geliştirmek ve dağıtmak için ileri düzey kavramları ve mekanizmaları öğrenin.
Side Quests: Bağımsız konulara derinlemesine dalış
Belirli konularda kapsamlarını genişletmek ve/veya becerilerini derinleştirmek isteyen Nextflow geliştiricileri için tasarlanmış bağımsız mini kurslar. Doğrusal bir sırayla sunulmakla birlikte herhangi bir sırayla alınabilirler (her mini kursun genel bakışındaki bağımlılıklara bakınız).
Eğitim Koleksiyonları: Side Quests için önerilen öğrenme yolları
Eğitim Koleksiyonları, belirli bir tema veya kullanım senaryosu etrafında kapsamlı bir öğrenme deneyimi sunmak amacıyla birden fazla Side Quest'i bir araya getirmektedir.
Arşivlenmiş eğitim materyalleri mi arıyorsunuz?
Eski eğitim materyalleri (Temel Eğitim, İleri Düzey Eğitim ve diğer deneysel kurslar), Nextflow 3.0 katı sözdizimi ile uyumsuz oldukları için eğitim portalından kaldırılmıştır. Bu materyallere erişmeniz gerekiyorsa Ocak 2026 öncesine ait git geçmişinde bulunabilirler.
